故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。

莉威亚（安娜·加列娜AnnaGaliena饰）年轻美丽，嫁给了年长28岁的文化权贵卡罗（AntonioSalines饰），过大的年龄差距，令莉威亚一直在情感和情欲上感到不满足。一次话剧演出，莉威亚认识

米奇（罗伯特·德尼罗RobertDeNiro饰）和特瑞（艾迪·墨菲EddieMurphy饰）是一对个性迥异的搭档，前者沉默寡言稳重可靠，后者幽默健谈爱出风头。一次任务中，米奇精心设计的行动被特瑞的多嘴

哈利波特（丹尼尔•雷德克里夫 Daniel Radcliffe 饰）结束了假期，即将回到霍格沃兹继续学习魔法。一个叫多比的家养小精灵警告哈利不要回到霍格沃兹，否则会陷入极大的危险。哈利没有听从多比的劝